We współczesnym świecie dialog między cywilizacjami jest życiową koniecznością i nakazem czasów, w których przyszło nam żyć. W dialogu cywilizacji szczególną rolę odgrywa dialog między religiami. Wzajemne poznanie i zrozumienie pomiędzy ludźmi różnych religii, narodowości i kultur prowadzi do dialogu, wzajemnej akceptacji, zrozumienia oraz przedstawiania racji, a nie ulegania różnym formom agresji, dyskryminacji, czy nawet terroryzmu.
Celem nadrzędnym Centrum Dialogu Cywilizacji jest uwypuklenie systemu zasad i ideałów, które są podzielane przez wszystkie cywilizacje – wartości, które demonstrują jedność ludzkości, których potwierdzenie jest nie tylko niezbędnym warunkiem do trwałości każdej cywilizacji, ale również podstawą dla ich samorealizacji na bazie wzajemnej tożsamości i szacunku.
Podstawą dialogu cywilizacyjnego jest uznanie bogatej różnorodności światowych cywilizacji oraz wzajemności i harmonijnego oddziaływania między kulturami. Rdzeniem działalności Centrum jest podkreślenie strukturalnej różnorodności cywilizacji, religii oraz badanie dróg i sposobów prowadzących do zabezpieczenia ich wzajemnych relacji.
Innym istotnym celem, który stawia sobie Centrum Dialogu Cywilizacji jest poszukiwanie i identyfikowanie wspólnych wartości ludzkości na płaszczyźnie religijnej i etycznej.
W swojej działalności pragnie kontynuować długą tradycję współistnienia różnych narodowości, kultur i tożsamości religijnych, która stała się udziałem wielu polskich pokoleń.